Муниципальное учреждение «Липецкий историко-культурный музей» берет свое начало с 1996 года, когда был основан «Центр декоративно-прикладного и народного искусства для детей и юношества», положивший начало комплектованию коллекций народного костюма, предметов крестьянского быта, художественных промыслов Липецкого края.
13 ноября 2006 года центр декоративно-прикладного и народного искусства получил статус музея.
До 2014 года народное и декоративно-прикладное искусство является основным направлением деятельности музея.
Предметы крестьянского быта, удивительной красоты традиционные праздничные народные костюмы, предметы народных промыслов и ремесел Липецкой земли составляют основу постоянно действующей экспозиции «Народная культура Липецкого края».
В выставочных залах музея ежегодно проходят около 20 выставок, приобщающих всех желающих к разнообразным видам декоративно-прикладного искусства.
В 2014 году экспозиционные площади музея расширяются за счет цокольного и подвального помещений, в которых реализуется выставочный проект ««Привет из Липецка XX века», победитель грантового конкурса «Меняющийся музей в меняющемся мире» Благотворительного фонда Владимира Потанина.
Музей начинает комплектовать коллекции советского времени.
Экспозиция переносит посетителей в мир повседневной жизни Липецка 50-90 годов ХХ века. Экспозиция построена на предметах, за каждым из которых стоят личные истории или воспоминания липчан. Посетители могут побывать в советской коммунальной квартире, в комнате советского школьника, фотолаборатории и даже «прокатиться» в первом липецком трамвае «Лип Липыч».
Предметы коллекции советского периода составляют важную и значимую часть фондов музея, расширяя его профиль.
В 2016 году в Нижнем парке города Липецка был построен летний павильон «Путевой дворец Петра Первого», где располагается историко-экологическая экспозиция «Музей воды», созданная благодаря тесному сотрудничеству музея с частными инвесторами.
Около «Путевого дворца» располагаются крокетные площадки. Музей поставил задачу развивать и популяризировать среди горожан и гостей города эту забытую игру, некогда любимую на липецком курорте. Проект «Крокет для всех», получивший поддержку «Фонда президентских грантов», был реализован в 2020 году совместно с НКО «Клуб идейных женщин города Липецка».
Музей также является организатором тематических городских конкурсов и межрегиональных фестивалей, таких как конкурс народного и декоративно-прикладного искусства «Марьины хороводы», фестиваль традиционного кружевоплетения на коклюшках «Золотые кружева России» (2015 год) и Межрегиональный фестиваль «Музей для друзей» (с 2018 года), ставший финалистом национальной Премии Russian Event Awards в 2019 году. В 2021 году проект музея «Петровские места в Липецке» стал победителем грантового конкурса «Стальное дерево» ПАО НЛМК и благотворительного фонда «Милосердие».
В 2016 году в ведении Липецкого музея народного и декоративно-прикладного искусства появился филиал - Историко-культурный музей, расположенный в объекте культурного наследия «Здание бывшей городской управы первой половины XIX века». Фонды музея стали пополняться предметами городского быта конца XIX – начала XX века. В феврале 2020 года после реставрационных работ филиал начал принимать первых посетителей.
В конце 2020 года стало известно о победе проекта «Липецкие истории» в грантовом конкурсе "Общее дело" благотворительной программы "Эффективная филантропия" Благотворительного фонда Владимира Потанина. За время реализации проекта собрано множество воспоминаний о разных периодах жизни города, создана цифровая коллекция в формате видео-историй, подкастов, фотографий и писем из личного архива липчан – наших современников и потомков известных липецких фамилий, живущих в других городах.
Именно осуществление данного проекта стало окончательным аргументом в пользу переименования учреждения из Липецкого музея народного и декоративно-прикладного искусства в Липецкий историко-культурный музей, а филиала «Историко-культурный музей» в филиал – «Городская управа». Работа филиала будет направлена на отражение развития города в 19-21 веках через историю благоустройства и решения социальных вопросов, а также через судьбы его жителей.
Новое название головного музея – Липецкий историко-культурный музей (ЛИКм) –отражает расширение направлений его деятельности, которое теперь охватывает не только народную, но и городскую культуру.
